Vorderorientalische Sprachen haben es dem Altphilologen besonders angetan - Stoll ist ebenso versiert beim Entziffern von ägyptischen Hieroglyphen wie beim Lesen von Keilschriften.
Sein aktueller Forschungsschwerpunkt liegt allerdings in der Religionswissenschaft: an einer Genealogie des Teufels schreibt Stoll derzeit. Sein Leben aber finanziert der Kulturhistoriker aber mit Vorträgen über und Führungen durch die Stadt Basel.