Die Entdeckung war ein Urmoment der modernen Medizin. Eingesetzt werden die Röntgenstrahlen bis heute, um innere Verletzungen oder kranhafte Veränderungen im menschlichen Körper zu erkennen. Heute werden hierzu auch die röntgenbasierte Computertomografie sowie die Magnetresonanztomografie eingesetzt.
Röntgenstrahlen werden auch ausserhalb der medizinischen Diagnostik verwendet. Eingesetzt werden sie beispielsweise in der Erforschung berühmter Mumien, wie Ötzi oder Tutanchamun. Auch in der Denkmalpflege lassen sich dank Röntgenstrahlen Strukturen unter zerstörten Oberflächen bei Grabbeilagen oder bei Gebäuden sichtbar machen.
