Zwar behauptet der französische Schriftsteller und Gastro-Philosoph Jean Anthelme Brillat-Savarin 1826 in seinem berühmten Buch «Physiologie du goût» (Physiologie des Geschmacks), dass das Fondue aus der Schweiz stamme. Doch das lässt sich nicht eindeutig belegen. Fest steht, dass es im Alpenraum, wo die Milchwirtschaft seit Jahrhunderten eine grosse Rolle spielt, etliche Fondue-Variationen gibt. Neben dem uns bekannten Käsefondue, von dem ja auch diverse regionale Varianten existieren (je nach Zutaten und Käsesorten, die man verwendet), gibt es z.B. im Aostattal und im Piemont die fonduta, eine sämige Sauce, die mit geschmolzenem Fontina-Käse, Milch und Eigelb zubereitet und zu Gemüse und Gemüseflans serviert wird.
Das älteste überlieferte Fondue-Rezept aus der Schweiz, das mit dem heutigen Käsefondue übereinstimmt, stammt nicht – wie man erwarten könnte – aus dem Greyerzerland oder der Romadie, sondern aus Zürich. Zu finden ist es im persönlichen Kochbuch von Anna Margeritha Gessner aus dem Jahre 1699:
Käß mit wein zu kochen
Thu ein halb gläßlin voll wein in ein blaten auf
die glutpfann und thu gschabnen oder zerribnen
feißen alten käß darein. Ist er aber lind, das er
sich nit schaben oder zerreiben laßt, so schnid ihn so dünn
du kanst, und laß ihn im wein kochen, biß er gantz
zergangen, und man den wein im kusten nit
mehr gspürt. Dann dunke brot darein, und iß ihn also
mit dem brot, aber du must allzeit ein wenig glüht
darunter laßen, sonst wird er bald wider hert.
