Hannes Meyer studierte Orgel, Direktion, Komposition und Sologesang in Basel und Zürich und schloss sein Studium 1966 mit dem Orgel-Konzertdiplom ab. Ab 1978 war er als freischaffender Musiker, Pädagoge und Animator weltweit tätig.
Meyer war bekannt für eine aussergewöhnliche Technik und ein phänomenales Gedächtnis. Dies führte dazu, dass er oft ohne Noten spielte. Dabei betonte er stets, dass die Orgelmusik allen Menschen zugänglich sein sollte und «nicht nach Kirche, sondern nach Musik riechen muss».
Besonders gerne arbeitete der Nonkonformist mit Kindern. Durch ihn lernten über 250'000 Schulkinder in der Schweiz, Europa, den USA und den Philippinen das Orgelspiel kennen.
Seine wohl bekannteste Komposition ist die «Schanfigger Bauernhochzeit». Dieses bei Organistinnen, Organisten und Publikum gleichermassen beliebte volkstümliche Stück wird für immer mit seinem Namen verbunden bleiben.
Hannes Meyer starb 2013 im Alter von 74 Jahren und hinterliess ein bedeutendes musikalisches Erbe.