Seit Jason Bourne (Matt Damon) ohne Identität und ohne Erinnerung an die Vergangenheit im Mittelmeer treibend aufwachte, sind mehrere Jahre vergangen. Mühsam fügte er nach der Rettung Puzzleteil um Puzzleteil zusammen, um Hinweise auf seine frühere Existenz zu erhalten. So erfuhr Bourne allmählich, dass er der Prototyp einer auf Superman-Level gedrillten CIA-Agentenklasse war, den seine Schöpfer als Zeugen ihres illegalen Tuns nun mit allen Mitteln wieder aus der Welt zu schaffen versuchten.
In «Das Bourne Ultimatum» ist die aktuelle CIA-Leitung dabei, das alte «Bourne»-Programm neu zu lancieren und eine frische Killerelite heranzuzüchten. Als der Journalist Simon Ross (Paddy Considine) von einem CIA-Mann Wind davon bekommt und die Story zu publizieren beginnt, leuchten nicht nur beim CIA die Warnlampen. Auch der untergetauchte Bourne meldet sich zurück. Am Namen jenes Mannes, der der Presse so freimütig Geheimnisse enthüllt, sind sowohl die CIA-Chefs Ezra Kramer (Scott Glenn) und Noah Vosen (David Strathairn) wie auch der Agent auf Identitätssuche brennend interessiert. Als Bourne realisiert, welch enge personelle Verbindungen zwischen altem und neuem Programm bestehen, macht er sich auf, auf Heimatboden jene Verantwortlichen zu stellen, die ihn einst zur gefühllosen Killermaschine formten. Zuvor allerdings muss er sich in Moskau, Berlin, Paris, London und Tanger jede Menge Häscher vom Hals schaffen. Dabei trifft er auf die alten Bekannten Pamela Landy (Joan Allen) und Nicky Parsons (Julia Stiles), die Bourne bei seiner spektakulären Flucht überraschenderweise hilfreich zur Seite stehen.
