Die Idee zu den Mendelssohntagen kam von Dieter Wagner. Wagner ist Kantor der reformierten Kirchgemeinde Aarau. Mitorganisiert wird das neue Festival aber auch von Christian Weidman vom Argovia Philharmonic (früher: Aargauer Sinfonieorchester).
Anlässlich der Mendelssohntage werden in Aarau mehrere Konzerte aufgeführt. Eröffnet wird die Konzertreihe am Freitagabend in der Stadtkirche mit dem Tölzer Knabenchor. Zum Programm der Mendelssohntage Aarau gehört auch ein musikalischer Stadtrundgang. Das Stadtmuseum zeigt die Ausstellung des Mendelssohn-Hauses Leipzig.
Auf der restraurierten Orgel der Stadtkirche Aarau wird ein Orgelwettbewerb ausgetragen. Der Siegerin oder Sieger des Wettbewerbs winken 3'000 Preisgeld und ein Konzert zusammen mit dem Aargovia Philharmonic.
