Bis 2007 lebte Markus Gisin im Kanton Aargau. Er durchlief in Laufenburg die Schule und studierte später Betriebswirtschaft an der Fachhochschule in Basel. Von 1999 bis 2003 war er Untersuchungsbeamter im Bereich Wirtschaftskriminalität
beim Besonderen Untersuchungsrichteramt des Kantons Basel-Landschaft.
2003 wechselte er als Leiter der Abteilung Ermittlung/Ereignisbewältigung zur Schweizerischen Post nach Bern. 2007 trat er als Mitglied des höheren Kaders in die damalige Stadtpolizei Bern ein - zuerst als Chef der Polizeihauptwache Ost.
Ab 2010 wurde er Leiter einer Spezialfahndung und damit zuständig für verschiedene Fachbereiche und Dezernate innerhalb der Kriminalabteilung der Kantonspolizei Bern, unter anderem auch für den Staatsschutz. Anfang 2012 wurde er zudem zum stellvertretenden Chef der Kriminalabteilung ernannt.
Im Februar 2013 wechselte Gisin als Chef Kriminalpolizei zur Kantonspolizei Thurgau, wie die Aargauer Kantonspolizei am Montag bekanntgab.