1996 wurde er Präsident des FC Wohlen, im Herbst tritt er nicht mehr an für das Präsidentenamt. Andy Wyder findet den Zeitpunkt dafür passend. Sportlich sei der FC Wohlen gut unterwegs. Der Ligaerhalt in der Challenge League ist gesichert, der neue Trainer Ciriaco Sforza entwickle die Mannschaft weiter. Jetzt sei der Zeitpunkt an der Spitze des Vereins gekommen.
Gab der «Fall Wellington» den Ausschlag für den Rücktritt? Die rechtlichen Tubulenzen und negativen Schlagzeilen seien ein dunkles Kapitel in der Vereinsgeschichte, so Wyder gegenüber Radio SRF. «Es war aber nicht der Grund. Der Fall Wellington ist nur ein Mosaiksteinchen von ganz vielen», erklärt Wyder seine Motivation. Der Verein hat mit dem Brasilianer Wellington 2013 zwei Arbeitsverträge abgeschlossen, befand die Fussball-Liga und vergab eine Busse von 20'000 Franken. Das Urteil der Aargauer Justiz steht noch aus.