Ott studierte Theologie an der Universität Basel. 1952 arbeitete er als Pfarrer in Castiel, in Graubünden. Bereits in Castiel engagierte sich Ott politisch und trat der SP bei. Bevor Heinrich Ott 1979 für den Kanton Basellandschaft Nationalrat wurde, war er während nahezu eines Jahrzehnts Mitglied des Landrats.
Politiker und Theologe
Heinrich Ott gehörte zu den Initianten der 1977 verworfenen Münchensteiner Initiative, die sich für den Zivildienstes für Militärdienstverweigerer einsetzten. Weiter erworb er sich als Präsident der Interparlamentarischen Union Anerkennung.
1962 wurde er als Nachfolger von Karl Barth auf den Basler Lehrstuhl für Systematische Theologie berufen. Am theologischen Institut der Universität Basel lehrte er bis zu seiner Emeritierung im Jahr 1999.