Pflanzenschutzmittel sollen Gemüse und Früchte primär vor Pilzbefall, Schadinsekten und Unkräutern bewahren. Der Einsatz von Pestiziden kann aber den kleineren Gewässern schaden. Schuld daran sind laut dem Gewässerschutzbericht des Kantons Bern häufig Bauern, welche beim Spritzen von Pestiziden zu nahe an die Gewässer heranfahren und die Spritzgeräte unsachgemäss reinigen.
Ein weiteres Problem sind auch die Wetterbedingungen: Wenn es beispielsweise in der Spritzperiode besonders viel regnet, schwemmen die Mittel von den behandelten Flächen in nahe Gewässer. Das setzt den dort lebenden Algen und Fischen zu.
Besonders betroffen sind laut dem Gewässerschutzbericht des Berner Amts für Wasser und Abfall kleinere Bäche und Flüsse im ackerbaulich intensiv genutzten Mittelland. So etwa der Urtenenbach, ein Nebenfluss der Emme, oder der Limpach, im Grenzgebiet von Bern und Solothurn.
Heinz Habegger, bis Ende Dezember 2015 Vorsteher des Berner Amts für Wasser und Abfall, ruft in seinem Vorwort zum Gewässerschutzbericht die Landwirtschaft dazu auf, sich stärker für den Gewässerschutz zu engagieren. Dazu brauche es ausreichende Sicherheitsabstände zu Bächen, Flüssen und Seen sowie eine kooperative Haltung der Landwirte.
