Trotz Kritik in der Vernehmlassung will der Bundesrat bei der Umsetzung der Zweitwohnungs-Initiative Ausnahmen zulassen. So soll der Bau touristisch bewirtschafteter Wohnungen weiterhin möglich sein. Auch die Umnutzung von Hotels in Zweitwohnungen will der Bundesrat zulassen. Bedingung ist, dass der Betrieb seit 25 Jahren besteht und nicht mehr wirtschaftlich weitergeführt werden kann.
Auch bei der Umnutzung bestehender Wohnungen hat sich der Bundesrat für eine liberale Variante entschieden: Wohnungen, die am Tag der Annahme der Initiative schon bestanden oder rechtskräftig bewilligt waren, dürfen frei von Erst- in Zweitwohnungen umgenutzt werden. Erweitert werden dürfen Zweitwohnungen mit kalten Betten aber nicht. Mit den Ausnahmen kommt der Bundesrat aber in vielen Punkten den Bergkantonen und Tourismusregionen entgegen.