Oberstes Organ der Stiftung Ostschweizer Kinderspital war bisher der Stiftungsrat. Dieser war zusammengesetzt aus 15 Mitgliedern. Darunter waren je ein Vertreter der Regierungen der Trägerkantone und des Stiftungsgebietes. Hinzu kamen Vertretungen der Ortsbürgergemeinde St.Gallen, der Stadt St.Gallen und Vertretungen wichtiger Berufsgruppen im Spitalbetrieb.
Ab 1. Januar 2015 ist die Organisation neu strukturiert. Die Regierungen der Trägerkantone und des Fürstentums Liechtenstein bilden neu die Trägerdelegation. Präsidentin der Trägerdelegation ist Heidi Hanselmann, Vorsteherin des Gesundheitsdepartementes Kanton St.Gallen.
Der Stiftungsrat setzt sich neu aus sieben Mitgliedern zusammen. Präsident der Stiftung ist neu Arno Noger. Er ist Bürgerratspräsident der Ortsbürgergemeinde und hat das OKS seit einigen Jahren als Präsident der Spitalkommission begleitet. Kommissionen gibt es keine mehr.
