Gemäss Gesetz sind zwei Faktoren für die Verteilung der Kosten ausschlaggebend: Welche Strecken die Passagiere und welche Strecken die Züge in einem Kanton zurücklegen. Bislang nicht definiert ist, wie stark die Personen- respektive die Zugkilometer gewichtet werden.
Das Bundesamt für Verkehr schlägt in dieser Sache vor, beide Faktoren zu je 50 Prozent zu gewichten. Der Kanton St. Gallen müsste demnach über 30 Millionen Franken bezahlen. Nur die Kantone Zürich, Bern und Aargau würden noch stärker zu Kasse gebeten, wie das Bundesamt gegenüber Radio SRF erklärt; es bestätigt damit einen Artikel der «NZZ am Sonntag». Laut Mediensprecher Gregor Saladin sei keiner der 26 Kantone mit dieser Regelung einverstanden.
Auch die Kantone Appenzell Innerrhoden, St.Gallen und Thurgau üben Kritik. Ihre zuständigen Regierungsvertreter verlangen, dass der Berechnungsschlüssel angepasst wird. Allerdings sind ihre Vorschläge zum Teil gegensätzlich. Während der Innerrhoder Landammann Daniel Fässler und der Thurgauer Regierungsrat Kaspar Schläpfer die Auslastung der Züge mehr gewichten wollen, verlangt Volkswirtschaftsdirektor Benedikt Würth aus St.Gallen, dass das Angebot, also die gefahrenen Zugkilometer, mehr berücksichtigt werden.
