Nach diversen Vorbereitungen haben nun die eigentlichen Sanierungsarbeiten begonnen. Die Axenstrecke zwischen Brunnen und Flüelen mit ihren neun Tunneln wird umfassend erneuert. Geplant sind drei Etappen, die bis Dezember 2019 dauern.
Dabei werden die bestehenden Portale, Gewölbe, Widerlager und Entwässerungen sowie die gesamte Bahntechnik mit Fahrbahn, Kabelanlagen und Fahrleitung ausgebaut und erneuert.
Auch die Tunnelsohle wird abgesenkt; dafür sind teilweise Sprengungen nötig. So sollen die Tunnelprofile vergrössert werden, damit auch Lastwagenanhänger mit vier Metern Höhe auf der Schiene transportiert werden können.