Die Urner Regierung hatte sich dafür eingesetzt, dass die Züge, welche ab 2016 Richtung Gotthard verkehren auch im Kanton Uri halten. Ab 2021 wird der Intercity-Zug von Basel nach Lugano in Altdorf halten. Ausserdem stoppt stündlich ein Zug in Altdorf, der ebenfalls in Flüelen und Erstfeld Halt macht. Zusätzlich soll auch der Anschluss an den «Innerschweizer Sprinter» erfolgen, welcher in der Hauptverkehrszeit zwischen Erstfeld und Zürich unterwegs ist.
Bis der Bahnhof Altdorf Mitte 2021 fertig umgebaut ist, halten die Intercity Züge ab Ende 2016 vorübergehend in Flüelen.
