Einzelne Vertreter der Alternativ-Grünen, der SVP und der CVP lehnten den Richtplaneintrag und damit die Pläne der SBB ab. Sie argumentierten, dass die 1,7 Kilometer lange Doppelspur bei Walchwil die Anwohner belasten werde. Ihr Vorschlag, den Kreuzungspunkt weiter nördlich in unbewohntem Gebiet zu bauen, wurde jedoch abgelehnt.
Die Mehrheit des Rates folgte damit der Zuger Regierung und den Plänen der SBB. Die Bahn erachtet den Standort Walchwil für die Doppelspur als ideal. Mit dem Kreuzungspunkt an einer anderen Stelle werde der enge Fahrplan möglicherweise instabil. Baudirektor Heinz Tännler erinnerte die Parlamentarierinnen und Parlamentarier während der Debatte daran, dass es sich bei der Strecke Zugersee Ost um eine Strecke von nationaler Bedeutung handelt.
Nord-Süd-Verkehr wird über Rotkreuz umgeleitet
Erstellt werden soll die Ausweichstrecke Walchwil ab 2016, wenn die Strecke entlang des Sees ohnehin umfassend saniert und für Doppelstockzüge tauglich gemacht wird. Wegen der Bauarbeiten wird dieser Abschnitt während 1,5 Jahren komplett gesperrt. In dieser Zeit werden die Züge von und nach Zürich über Rotkreuz ZG umgeleitet - mit einem Zeitverlust von 20 Minuten. Aus der grossen Zeitersparnis durch den Gotthard-Basistunnel, der zeitgleich mit der Zugersee-Streckensperrung in Betrieb genommen wird, wird vorerst also nichts. Die Passagiere sparen vom oder auf dem Weg in den Süden nur 20 Minuten statt wie vorgesehen 40.