Das Ende des Zweiten Weltkrieges bedeutete vielerorts den Abzug der Kolonialmächte. Mit den Beamten kehrte jedoch auch Gesundheitspersonal nach Europa zurück und hinterliess ein medizinisches Vakuum. Zeitgleich beschloss der Basler Grosse Rat, ein Tropeninstitut zu gründen, mit dem Ziel, arbeitslose Naturwissenschaftler zu beschäftigen.
Die Schweiz hatte wenig Erfahrung mit den Tropen, deswegen ging der erste Direktor pragmatisch vor und setzte auf Forschung, Lehre, und Dienstleistung. Netzwerke wurden geknüpft, ohne sich vereinnahmen zu lassen. Eine nachhaltige Strategie, der auch die drei folgenden Direktoren treu geblieben sind, mit Erfolg.
