Bernauer spielte von 2003 bis 2010 und ab 2022 wieder für ihren Heimatklub FC Zürich und feierte dabei vier Meistertitel und einen Cupsieg. Dazwischen mischte die Mittelfeldspielerin in ausländischen Topligen oft ganz oben mit. Mit dem VfL Wolfsburg gewann sie zwei Meistertitel und viermal den Cup, dazu erreichte sie zweimal den Final der Champions League. Mit der AS Roma triumphierte sie ebenfalls einmal im Cup.
Für das Nationalteam absolvierte Bernauer insgesamt 91 Länderspiele, nur acht Spielerinnen haben mehr Einsätze für die Nati auf dem Konto. Ihr Debüt gab sie 2006 im Alter von 17 Jahren. 2015 war sie Teil des Teams, das in Kanada erstmals an einer WM-Endrunde teilnahm, zwei Jahre später nahm sie auch an der EM in den Niederlanden teil. Ihren letzten Auftritt im Nati-Trikot hatte die Zürcherin im Februar 2022.
Wie der FCZ mitteilte, bleibt Bernauer dem Klub erhalten. Die 36-Jährige unterstützt ab sofort die technische Leiterin Monica Di Fonzo.
