Letzten Mittwoch war es so weit: Die Schweiz hatte ihren ersten offiziell nachgewiesenen Omikron-Fall. Nachgewiesen wurde die neue Virusvariante bei einem 19-jährigen Gymnasiasten aus Basel. Kurz darauf bestätigte sich Omikron auch in einem zweiten Fall, diesmal im Kanton Baselland.
Den Nachweis erbracht hatte in beiden Fällen der Mikrobiologe Adrian Egli und sein Team am Universitätsspital Basel. Hier steht die dritte Generation einer sogenannten Genom-Sequenzierungsmaschine, mit deren Hilfe das Team die Erbinformationen von Viren aufschlüsselt.
Mit dieser neusten Sequenzierungsmethode kann das Team eine Probe innerhalb von nur 24 Stunden untersuchen und bestimmen, um welche Virusvariante es sich handelt. Normalerweise dauert ein solcher Nachweis ganze sieben Tage. Auch dank dieser raschen Methode sei der erste Omikron-Fall in Basel nachgewiesen worden und nicht anderswo in der Schweiz, vermutet Egli. Denn: Dass die Virusvariante zu diesem Zeitpunkt erst in der Region Basel zirkulierte, sei eher unwahrscheinlich.
Basel ist Schweizer Musterschüler
Basel-Stadt gehöre schweizweit zu den Spitzenreitern punkto Sequenzierung. «In der ersten Welle konnten wir fast 80 Prozent aller positiven Fälle auf ihre Variante untersuchen, in der zweiten war es weniger, in der dritten wieder mehr», sagt Egli. In der ganzen Schweiz gäbe es nur zwei weitere solcher Nanosequenzierungsmaschinen, die für die Sequenzierung von SARS-CoV-2 eingesetzt werden: an der Universität Bern und in einem Privatlabor.
Im Moment gehört die Schweiz weltweit zu jenen Ländern, die am meisten positive Covid-19-Proben auch auf die genaue Virusvariante untersucht, sprich sequenziert. Zwar sind Länder wie Dänemark und das Vereinigte Königreich die unbestreitbaren Spitzenreiter. Doch die Schweiz rangiert in Bezug auf die Sequenzierung international gesehen trotzdem auf einem der vordersten Ränge – weit vor den Nachbarländern Deutschland, Frankreich und Italien.
Sequenzierung gibt wichtige Informationen über Pandemie-Verlauf
Dabei hat vor wenigen Tagen die Weltgesundheitsorganisation WHO die Sequenzierung zu einem der Schlüsselelemente im Kampf gegen die Corona-Pandemie erklärt. Entscheidend sei, neue Viruslinien und Corona-Mutationen frühzeitig zu entdecken, um die Verbreitung nachvollziehen zu können.
So dachten beispielsweise die Schweizer Behörden zu Beginn, dass die beiden Omikron-Fälle in der Region Basel miteinander zusammenhingen und der eine Träger den anderen angesteckt habe. Die Sequenzierung durch Eglis Team schaffte Klarheit. «Durch den Vergleich der Erbgutinformation sehen wir, ob eine direkte Übertragung stattgefunden hat oder nicht», so Egli.
In diesem Fall konnte das Team am Universitätsspital rasch feststellen, dass die beiden Fälle nichts miteinander zu tun hatten. Solche Übertragungscluster zu identifizieren sei im Kampf gegen eine rasche Ausbreitung sehr wichtig.
