Der Baldeggersee war klinisch tot wegen der Industrie und Überdüngung. Ab 1906 gelangten mit der Industrialisierung von Hochdorf (LU) ungereinigte Abwasser aus der Industrie und den Siedlungen in den See. 1940 brach der Felchenbestand zusammen. Pro Natura kaufte den Baldeggersee zwei Jahre danach.
In den nächsten Jahrzehnten kam es zu weiteren grossen Fischsterben wegen der starken Besiedlung und intensiven Landwirtschaft. Der hohe Stickstoff- und Phosphorgehalt lässt Algen und Bakterien wachsen. Dadurch sinkt der Sauerstoffgehalt. Der See wird seit 1982 künstlich belüftet, um zu überleben.